Hasankeyf’teki kazı çalışmaları henüz sonuçlanmadığından kesin olarak Hasankeyf’in kimler tarafından kurulduğu bilinmemektedir. Ancak insanlığın ilk yerleşim alanının merkezi olan dünya medeniyetine ışık tutan , insanların ilk yerleşik hayata geçtiği , en verimli toprakların bulunduğu yerlerdendir. Coğrafyanın kendisine bahşettiği korunma özelliği yanında Dicle Nehri’nin hemen kenarında kurulmuş olması yukarı Mezopotamya’daki önemli yerlerden biri olduğunu teyit etmektedir. Son yıllarda Hasankeyf’te yapılan kazılarda M.Ö 5000 yıllarında buralarda yaşayan Hurri ve Mitani medeniyetlerinin izlerine rastlanmıştır. M.Ö 3500  yıllarından itibaren Dicle ve Fırat havzasında Sümerler , Akadlar , Asurlar , Babiller , Medler  ve Perslerin hüküm sürdükleri bilinmektedir. Milattan sonraki ilk çağlarda şehir , doğunun süper gücü Romalıların sınırında yer aldığı için büyük savaşlara sahne olmuş ve sürekli el değiştirmiştir.Bu nedenle Romalılar buraya doğudaki en büyük kalelerinden birini yaparak sınırlarını sağlama almış Hasankeyf’i bir daha Sasaniler’e kaptırmamışlardır. Miladi 359 yılında Süryani Piskoposluğunun merkezi olan Hasankeyf’in dinsel anlamda da önem kazandığını görüyoruz. Halen Hasankeyf’te görülmekte olan kaya mezarlar , kilise kalıntıları bu dönemin birer işareti niteliğindedir. İslam’ın ikinci halifesi Hz. Ömer zamanında Iyad Bin Ganem komutasındaki İslam ordusu burayı M.S 639 yılında fethederek Bizans hakimiyetine son vermiştir. İslami dönemde sırası ile Emeviler , Abbasiler , Hamdaniler ve Mervaniler hakim olmuşlardır. Selçukluların Anadoluya gelmesinin ardından 1101 yılında Artuklular şehre hakim olmuşlardır. Artuklular döneminde şehir imar edilmiş , sikkeler basılmış , İlim merkezi olan medreseler kurulmuştur.130 yıl Artuklulara başkentlik yapan Hasankeyf dönemin önemli şehirlerinden biri olmuştur.1232 yılında Eyyubilerin bölgeye hakim olması ile Artuklu dönemi kapanmıştır.

         Eyyubiler tam çevreye hakim olamadan Moğol İstilası ile karşı karşıya kalmıştır. Moğollar , şehirde büyük bir yıkıma neden olmuş ve taş üstünde taş bırakmamışlardır.Bu yıkımdan sonra bu dönemde başlayan imar faaliyetleri , Eyyubi Sultanı Sultan Süleyman zamanında  zirveye çıkmıştır.Hasankeyf’te halen ayakla olan birçok eser bu sultanın eseridir. Akkoyunluların 21 yıllık hakimiyetinin ardından Eyyubiler 1460 yılında tekrar şehre hakim oldu. Ancak bu yıllarda Safeviler’in bölgedeki hakimiyeti ve baskısı kendini gösterdi. Nihayet Çaldıran Savaşı’nda Osmanlıların hakimiyetine geçti. Osmanlıların ilk yıllarında idari önemini koruyan ve sancak merkezi olan şehir daha sonra gittikçe önemini kaybetti. Osmanlı’nın son yıllarında 6 köye sahip Midyat kazasına bağlı bir Nahiye merkezi olmuştur. Cumhuriyetle birlikte Mardin’in Gercüş ilçesine bağlı nahiye olmuştur. 1990 yılında Batman’ın il olması ile burası kaza merkezi yapılarak bu ile bağlanmıştır.